De Nationale Milieu Indicator (NMI 3) bestaat uit een aantal modules. Elke module berekent voor een specifieke soort toepassing een aantal emissie-indicatoren en risico-indicatoren. De toepassingen zijn onderdeel van een beschrijving van het landsdekkend gemiddeld gebruik op de Nederlandse land- en tuinbouwbedrijven op basis van CBS-enquêtes aangevuld met LEI-gegevens. Voor de evaluatie van het beleid Duurzame Gewasbescherming is het verbruik gecorrigeerd aan de hand van jaarlijkse afzetcijfers. De stofeigenschappen zijn ontleend aan Ctgbase.
Het verbruik per toepassing wordt vermenigvuldigd met emissiefactoren voor het betreffende milieucompartiment. Afhankelijk van het soort toepassing en de beschikbaarheid van gegevens zijn de emissiefactoren stofspecifiek en/of ruimtelijk variabel, of constant. Per toepassing worden berekeningen uitgevoerd voor alle ruimtelijke eenheden van de STONE-schematisatie die een bijdrage leveren aan het landelijk areaal van het behandeld gewas. Elke ruimtelijke eenheid is gedefinieerd door een unieke combinatie van bodem, hydrologie en klimaat: factoren die van invloed zijn op de berekende emissies en de blootstellingsconcentraties. Om kaartbeelden te genereren worden in een nabewerking de uitkomsten aan locaties gecombineerd met de gewaskaarten met een resolutie van 0,25x0,25 km2.